Nền Đệ nhất Cộng hòa của gia đình họ Ngô sụp đổ sau cuộc đảo chính ngày 1/11/1963 đã kết thúc chương đầu tiên lịch sử can thiệp của Mỹ vào miền Nam Việt Nam. Trong quyển sách thứ hai nhan đề "CIA and the Generals" (CIA và các tướng lĩnh), sử gia Thomas L. Ahern Jr. đã tổng hợp lại toàn bộ sự can thiệp của Mỹ ở chương tiếp theo với thất bại còn nặng nề hơn.

Do không quan tâm đến việc tổ chức bộ máy và hoạch định chính sách cho chính phủ mới nên CIA và các tướng tham gia đảo chính đã không làm được gì tốt hơn so với nhà họ Ngô, dẫn đến những hỗn loạn triền miên của nền Đệ nhị Cộng hòa, sau đó là sự diệt vong của chế độ Sài Gòn, đồng thời chấm dứt luôn sự can thiệp của Mỹ vào miền Nam Việt Nam.

Ngay sau khi anh em Diệm - Nhu bị sát hại, các tướng lĩnh đã thể hiện rõ là sẽ phụ thuộc khá nhiều vào người Mỹ để xây dựng chính quyền mới, nhưng lại không muốn để người Mỹ đạt được cái họ muốn. Tuy nhiên, CIA cũng không thực hiện vai trò hỗ trợ nhóm tướng lĩnh đảo chính lập chính quyền mới như mong đợi.

Đại sứ Cabot Lodge muốn hạn chế mọi tiếp xúc giữa phái bộ Mỹ, kể cả các mối liên hệ của CIA, với các tướng quân lực Việt Nam Cộng hòa để cho mọi người thấy rằng họ hoạt động "độc lập", không có sự can dự của người Mỹ.

Cần nhìn nhận một thực tế là sau đảo chính, CIA thật sự gặp rất nhiều khó khăn không chỉ từ việc bị Tòa đại sứ "kiểm soát" mà còn do tình hình rối ren của Sài Gòn khi các tướng lĩnh vật lộn với việc phân chia quyền lực trong chính quyền mới và nhất là tình trạng đấu đá lẫn nhau để tranh giành quyền lợi.

Giữa lúc đó, Tổng thống Mỹ John F.Kennedy bị ám sát chết tại thành phố Dallas (Texas) vào sáng ngày 22/11/1963 càng khiến cho tình hình khó khăn hơn. Cho đến trước khi Ngô Đình Diệm bị lật đổ và bị sát hại, Tổng thống Kennedy đã tăng nhân sự Mỹ từ con số 875 lên 16.000 người, trong đó nhân sự CIA hoạt động tại Trạm Sài Gòn ngót 200 người và đóng vai trò rất lớn trong lịch sử ngắn ngủi của chế độ chính trị miền Nam Việt Nam.

Nhưng kể từ sau khi Ed Lansdale và Paul Harwood rời Việt Nam, tầm ảnh hưởng của CIA trong mọi hoạt động can thiệp của Mỹ tại miền Nam Việt Nam đã giảm đáng kể; Tòa đại sứ đã thâu tóm lại quyền kiểm soát các hoạt động can thiệp đó.

CIA không còn được toàn quyền tự do hành động như thời Lansdale-Harwood nữa mà tất cả đều phải do Tòa đại sứ đóng vai trò chủ chốt. Một quy tắc mà Đại sứ Cabot Lodge đưa ra bắt buộc ai cũng phải thuộc nằm lòng là "chỉ được triển khai chiến thuật chứ không được tham gia hoạch định chiến lược".

Theo cách hành xử như thế, CIA buộc phải "xin phép" Đại sứ Cabot Lodge để thuyết minh cho tướng Dương Văn Minh (Minh lớn) nắm về các chương trình bí mật CIA muốn triển khai. CIA muốn lợi dụng cơ hội này để mở rộng tầm ảnh hưởng lớn hơn về chính trị và các vấn đề xây dựng chính quyền như trước đây nhưng Cabot Lodge kiên quyết CIA chỉ được phép trao đổi với tướng Minh lớn gói gọn trong phạm vi các vấn đề về tình báo và an ninh.

Quyền Trưởng trạm CIA David Smith cho rằng, kiểu hành xử này đang lãng phí cơ hội gây ảnh hưởng của Mỹ đối với việc xác lập cơ cấu và các chính sách của chính quyền mới. Ngay sau cuộc đảo chính, CIA đã báo cáo về tính bất ổn của bầu không khí chính trị Sài Gòn thời kỳ hậu Ngô Đình Diệm.

Dương Văn Minh và Nguyễn Ngọc Thơ.

Theo nhận định của CIA thì chỉ có tướng Dương Văn Minh là “có ấn tượng của một nhà lãnh đạo có khả năng liên kết nhóm tướng lĩnh võ biền với giới chính khách dân sự lại với nhau”. Nhưng Minh lớn có nhược điểm của một anh lính yếu đuối, ngây thơ về chính trị, nên có thể dễ dàng bị cấp dưới lật đổ.

Song song đó, CIA còn lo tháo gỡ những rắc rối trong quan hệ với chế độ Diệm và các tướng đảo chính. Tướng Tôn Thất Đính nhất quyết đòi trục xuất Đại tá Gilbert Layton của Trạm CIA vì ông này có quan hệ mật thiết với Đại tá Lê Quang Tung - tay chân trung thành của Diệm đã bị bắt và xử tử ngay sau khi Diệm bị lật đổ.

Trong lúc này, vai trò của Lucien Conein trở nên hết sức cần thiết. Từng nhiều năm hoạt động tại Việt Nam, có mối quan hệ bạn bè với nhiều tướng lĩnh, là đầu mối liên lạc chính của CIA với nhóm tướng đảo chính ngay từ lúc lập kế hoạch, nên Conein có được sự đồng cảm nhất định với các tướng lĩnh, do đó cách khôn ngoan là tiếp tục khai thác quân cờ Conein làm liên lạc viên với các tướng trong giai đoạn hậu đảo chính nhằm theo dõi các tướng xây dựng và ổn định chính quyền mới để sớm triển khai những chương trình, kế hoạch chống Cộng mà CIA đang trù tính.

Hai tuần sau đảo chính, Trưởng phân cục Viễn Đông William Colby có chuyến công tác ngắn hạn tại Sài Gòn. Nhân đó, Colby có dịp gặp tướng Nguyễn Khánh tại Đà Lạt và nghe ông này trần tình về những mối nguy mà chính quyền mới đang đối mặt. Cuối cùng, tướng Khánh buông ra yêu cầu "muốn có Russ Miller".

Vài tuần sau, Miller trở lại Sài Gòn với một nhiệm vụ ngắn hạn. Trong khi đó, do bị hạn chế các hoạt động cố vấn hình thành chính quyền mới (việc này được Tòa đại sứ giành lấy thực hiện), Trạm CIA đã phải tranh thủ cơ hội thảo luận với các tướng trong Hội đồng Quân nhân cách mạng (MRC) do Dương Văn Minh làm chủ tịch về các chương trình tình báo, dân quân tự vệ và bình định nông thôn.

Được sự đồng ý của Cabot Lodge, CIA bắt đầu loạt thảo luận với các tướng thành viên MRC Dương Văn Minh, Trần Văn Đôn, Lê Văn Kim vào ngày 13/11/1963, không có mặt Bộ trưởng An ninh Tôn Thất Đính và các tướng phụ trách về tình báo, an ninh. Các cuộc họp sau đó có tiến triển hơn, với việc Hội đồng Quân nhân cách mạng đồng ý một số đề xuất của CIA về việc tái tổ chức bộ máy an ninh, trong đó có việc mở rộng Trung tâm Thẩm vấn Quốc gia (NIC).

Ngày 2/12/1963, đích thân Tổng thống Lyndon B. Johnson chọn Peer de Silva làm Trưởng trạm CIA tại Sài Gòn thay thế John Richardson về nước từ tháng 10/1963. Vào đêm trước khi bay sang Sài Gòn, De Silva được Tổng thống Johnson triệu tập đột xuất để dặn dò ông cẩn thận, tránh đối đầu với Cabot Lodge.

Nước Mỹ đang bước vào năm bầu cử Tổng thống mà Lodge lại là người của đảng Cộng hòa làm việc cho chính quyền đảng Dân chủ nên Johnson không muốn vấn đề Việt Nam ảnh hưởng đến uy tín của chính quyền ở Washington. Johnson biết quá rõ về chuyện Cabot Lodge đã cãi nhau với John Richardson om sòm trên mặt báo như thế nào, vì sao Richardson phải về nước trước thời hạn, và cả việc Cabot Lodge muốn đẩy văng tướng chỉ huy trưởng phái bộ viện trợ quân sự tại Việt Nam Paul Harkins.

Bởi thế, ngày 7/12, Tổng thống Johnson đánh điện cho Cabot Lodge với lời dặn rằng ông mong muốn có mối quan hệ tốt đẹp giữa Trưởng trạm CIA với ngài Đại sứ. Johnson đặt vấn đề cụ thể: "Điều quan trọng trước tiên là giữa ông và ông ấy phải hoàn toàn hiểu nhau và hợp tác với nhau... Tôi không chỉ quan tâm đến sự hợp tác hiệu quả lâu dài mà còn muốn tránh để xảy ra những cuộc cãi vã ồn ào trên mặt báo...".

Cabot Lodge không những không nghe lời dặn của Tổng thống Johnson mà còn trả lời thẳng thắn với Giám đốc CIA John A. McCone rằng ông ta "không chịu trách nhiệm" về việc bảo vệ vỏ bọc cho De Silva khi hoạt động ở Sài Gòn (thực ra danh tính và hoạt động của De Silva đã được công khai trước dư luận ngay từ khi ông ta được chọn thay thế Richardson).

De Silva, một sĩ quan kỳ cựu xuất thân từ Học viện Quân sự West Point, từng làm trưởng ban an ninh Dự án Manhattan, gia nhập CIA với hàm Đại tá quân đội sau Thế chiến II. Có De Silva, Trạm CIA như "hồi sinh".

Các đánh giá về tình hình nông thôn miền Nam Việt Nam và sức mạnh của “Việt Cộng” (theo chiều hướng mạnh lên) luôn thể hiện độ chính xác cao, góp phần vào những đánh giá xác thực hơn của ban lãnh đạo CIA và Nhà Trắng. Đó cũng là thời điểm CIA trở lại với vai trò từng có trước đây.

Ngày 18/12/1963, sau chuyến đi thị sát tình hình thực tế tại Sài Gòn cùng với Bộ trưởng Quốc phòng Robert McNamara, McCone rút ra kết luận rằng căng thẳng trong Hội đồng Quân nhân, tình trạng chính phủ tiếp tục rệu rã và tham nhũng, và “Việt Cộng” ngày càng mạnh là những yếu tố làm cho Sài Gòn sau cuộc đảo chính 1/11/1963 càng trở nên bấp bênh hơn.

Bất chấp tình hình nguy ngập ở nông thôn, “Việt Cộng” ngày càng lấn quyền kiểm soát, các tướng lĩnh ở Sài Gòn vẫn loay hoay đấu đá nhau, tranh nhau ăn hối lộ và buôn lậu thuốc phiện. Tháng 1/1964, tướng Dương Văn Minh cải tổ hệ thống quyền lực trong quân đội và nắm lấy quyền Tổng tư lệnh quân đội. Liên lạc viên chính của CIA với các tướng vẫn là Lucien Conein.

Trong một chuyến công tác về Washington để tham vấn các quan chức Bộ Ngoại giao Averell Harriman và Roge Hilsman, Conein đã vận động giúp đỡ cho chính quyền quân sự ở Nam Việt Nam bằng cách cử cố vấn cho các tướng trong Hội đồng Quân nhân. Cabot Lodge đã ngăn cản việc thực hiện ý tưởng này, trong khi tướng Nguyễn Khánh chuẩn bị cho việc lật đổ Dương Văn Minh.

Tướng Nguyễn Khánh (trái) và Đại sứ Mỹ Henry Cabot Lodge.

Trong khi đó, Trưởng trạm CIA Peer de Silva vừa đến Sài Gòn đã được tướng Khánh săn đuổi ráo riết. De Silva không muốn dính sâu vào chuyện đấu đá của các tướng nên lần lữa hẹn đến cuối tháng 1/1964, để rồi sau đó hủy cuộc hẹn do bị Cabot Lodge cấm! Khánh lập tức quay sang tiếp xúc với Đại tá Jasper Wilson thuộc Phái bộ viện trợ quân sự tại Việt Nam (MACV). Cuộc họp giữa Wilson với tướng Khánh được Lodge đồng ý.

Tại cuộc họp, tướng Khánh thông báo ý định thay đổi thành phần nhân sự trong Hội đồng Quân nhân và lên nắm quyền. Tướng Khánh cũng thông báo thành phần 5 tướng trong vụ án "các sĩ quan Đà Lạt", còn gọi là "nhóm tướng trung lập", gồm Trần Văn Đôn, Tôn Thất Đính, Lê Văn Kim, Mai Hữu Xuân, và Nguyễn Văn Vỹ, với cáo buộc nhóm tướng lĩnh này "âm mưu câu kết với người Pháp trung lập hóa miền Nam Việt Nam".

3h15 chiều ngày 30/1/1964, đài phát thanh căn cứ không quân Mỹ thông báo tướng Khánh "trong một giờ nữa sẽ thay đổi thành phần Hội đồng Quân nhân", và nhân vật chắc chắn phải ra đi là Thủ tướng Nguyễn Ngọc Thơ.

20 phút sau, Phó đại sứ David Nes triệu tập Trưởng trạm CIA De Silva đến Tòa đại sứ để thông báo tướng Khánh và tướng Trần Thiện Khiêm sẽ lật đổ chính quyền Dương Văn Minh. "Nhóm tướng trung lập" được đưa lên Đà Lạt giam lỏng.

Dương Văn Minh được giữ lại cho làm Quốc trưởng. Toàn bộ vụ việc vừa xảy ra CIA đều không được tham gia trọn vẹn mà chỉ nhận thông tin từ Tòa đại sứ. David Smith (cựu Quyền Trưởng trạm CIA tại Sài Gòn) nhận định "đây là nước cờ của Cabot Lodge nhằm đề phòng việc Tổng thống Johnson cử De Silva sang để phục hồi sự tự do hoạt động của CIA như trước khi Richardson bị triệu hồi về nước".

Ngày 3/2/1964, Nguyễn Khánh đòi gặp bằng được Conein (bất chấp sự cản trở của Cabot Lodge) và thông báo với Conein rằng ông ta gia hạn 1 tuần lễ để các chính khách "ăn trắng mặc trơn" đề xuất một thủ tướng dân sự. Tướng Khánh cũng đề nghị Conein làm cố vấn riêng cho ông ta về các vấn đề tình báo và an ninh.

Trạm CIA nhận định Khánh cũng không hơn gì Dương Văn Minh về năng lực lãnh đạo. Trạm tiếp tục trình bày với tướng Khánh về các chương trình bí mật như đã trình bày với các tướng Đôn và Kim. Tướng Khánh chấp thuận ngay chương trình bình định nhưng trì hoãn đề xuất tập trung công tác thu thập và phân tích tin tình báo về một mối. CIA cam kết ủng hộ Khánh, nhưng đồng thời vẫn tiếp tục duy trì tất cả các quan hệ với các nhóm chính trị đối lập, như đảng Đại Việt, theo cách người Mỹ vẫn thường làm đối với các đồng minh.

Tuy nhiên, do bị hạn chế bởi Tòa đại sứ, Trạm CIA không thể làm nhiều hơn để giúp tướng Khánh nắm quyền hành nhanh hơn. Và cũng do bị hạn chế vai trò nên Trạm CIA chỉ có thể lắng nghe và giám sát một cách thụ động những diễn biến rối ren trên chính trường miền Nam hậu Ngô Đình Diệm. Điều tốt nhất mà CIA có thể làm được là đảm bảo sự an toàn cho "nhóm tướng trung lập". Rốt cuộc, cuối tháng 5/1964, dưới sức ép của người Mỹ, "nhóm tướng trung lập" đã được trả tự do